１２歳さいの少年しょうねん、茂上駿太もがみしゅんたはバトスピチャンピオンシップで優勝ゆうしょうして、世界せかいに一枚いちまいしかないＸエックスレアカード「午うまの十二神皇じゅうにしんおうエグゼシード」を手 てに入 いれる。
その夜よる、駿太は謎なぞの声こえに導みちびかれ、バトスピ始はじまりの世界せかい、スピリッツワールドに呼 よび込 こまれた。
そこで出 で会あった司祭しさいの末裔まつえいエトは、かつて邪神皇じゃしんおうを封ふうじて何処 ど こかへ行 ゆき眠ねむりについた十二神皇があり、そのひとつ「午の十二神皇エグゼシード」を持 もつ駿太こそ十二神皇に選えらばれた勇者ゆうしゃだという。
邪神皇復活阻止ふっかつそしのために共ともに戦たたかってくれと頼たのむエトに戸惑と まどう駿太だが、そこに邪神皇復活ふっかつを目論もくろむ暗黒あんこくバトラーのイヌイ将軍しょうぐんが現あらわれ、バトルする羽目 は めになる。
駿太はスピリットが本当ほんとうに召喚しょうかんされるスピリッツワールドのバトルに驚おどろきながらも、「午の十二神皇エグゼシード」を召喚。十二神皇の持つ効果こうか《封印ふういん》を使って、【走破そうは】を発揮はっき！　イヌイ将軍を打 うち破やぶる。
こうして、十二神皇を探さがす駿太の旅たびがはじまった。