ガルドスの一撃で消えた筈のギャラクシーとボンバーとジャスティスだが、その姿はサモハン工房にあった。無事だが、彼らは神から授かった力を失っていた。しかし、人の味方になった事をギャラクシー達は後悔していなかった。ガルドスは、自分だけ助かりたいという人のエゴに呆れ、神に対し、この世界も失敗だったと宣言。ガルドスは神との同化を果たす。
その頃、ストークの神殿に来たヤイバとリローヴはライフを捧げ、カードに封じられたスピリット達を目覚めさせようとしていた。
一方、ツルギはアトランティア王宮に乗り込むとクーデターを宣言。だが神と同化したガルドスは全世界に配備した武装スティンガーに指令を出す。すると天に魔方陣が展開し、神の鉄槌が地表へと降下をはじめる。破滅を怖れ、命乞いする権力者達をガルドスは神剣で斬ろうとする。そこへ飛び込んだツルギは、ソードブレイヴで防ごうとする。しかし、神剣の衝撃波で吹き飛ばされてしまう。そのツルギを守ったのは父の形見「龍輝神シャイニング・ドラゴン・オーバーレイ」だった。
その頃、ストークの神殿ではヤイバの命をかけた呼びかけがスピリットたちに届こうとしていた。ヤイバの力に耐えきれず神殿は崩壊してしまうが、呼びかけはスピリット達に届いていた。呼応したスピリットたちはカードのまま空に舞い上がっていって、ガルドスの魔方陣を裂いて消滅させる。さらにカードは、ソードアイズ達のキースピリットの幻となって出現し、鉄槌の降下を食い止める。
各地で自分のキースピリットを褒め称えるソードアイズ達は、人々を方舟に乗せるため、スティンガーを蹴散らし、方舟の奪取に走る。連絡はリローヴ達が作った貝殻で可能だ。
一方、ツルギは、世界の救済を賭けてガルドスにバトルを挑む。
エクストリームゾーンに立ったツルギはガルドスに「お前は誰だ」と問いかける。「お前達が『神』と呼ぶもの」と答えたガルドスは、序盤でツルギのライフを砕く。すると、神の鉄槌が一段落下する。ツルギのライフが減るたび、神の鉄槌は降下していくのだ。だが、ツルギは怯まない。仲間のカードを混合した、究極のソードアイズデッキで反撃を開始するのだった。
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