真選組鬼の副長 土方十四郎の下に佐々木鉄之助という男が小姓としてやってきた。
この鉄之助は、幕臣の中でもエリートばかり輩出している名門佐々木家の出身だが、手のつけられない問題児で、各署をたらい回しにされ真選組へ送られてきたのだった。

チャラついた態度の鉄之助に、土方はイラつきながらも何とか理性を抑え面倒を見続けた。そんなある日、警察の中でもエリートが集まる組織”見廻組”局長 佐々木異三郎と出くわす。
異三郎は鉄之助の異母兄だが、鉄之助を「落ちこぼれ」「妾の子」と呼び蔑む。
その発言に土方は怒りを覚え、異三郎へ真っ向からケンカを売った。
それは、居場所がどこにもない鉄之助に、どうしようもないバラガキだった頃の自分を重ねたからだ――。

土方の過去を知り、その姿を目標に強くなることを決意し改心した鉄之助。
大事な手紙を届ける任務を土方から託され、全うしようと意気込むが、しかしその道中で過激攘夷集団 知恵空党チェケラとうに囚われてしまう。
彼らの目的は、警察の縁者である鉄之助を人質に、真選組と見廻組を一気に潰すことだった。

だが見廻組は人質に構うことなく知恵空党を潰し、さらに鉄之助を預かった真選組に責任を取らせ消し去ろうと画策する。

知恵空党を一掃するために自身の弟を道具にしたことに土方は激高し…
真選組と見廻組の全面戦争が今始まる――！！