ダンが光となってから十年、人類と魔族は戦いをやめ、統一政府のもと共存の日々を送っていた。その記念式典に出席したバローネは、人間から銃撃を受ける。それを庇い、意識不明の重体に陥るクラッキー。
クラッキーの危機は、時代を超えて光主であるまゐ達にも届く。
バローネを撃った人間は人類史上戦線カーディナル・サインという過激派組織に属していた。光主達が救った世界を守るため、彼らとの戦いを決意するバローネのもとに『激突王のキセキ』というカードが現れ……。

突如、現れたダンにより、カーディナル・サインの刺客を倒したクラッキーたち。
失われたはずの十二宮Ｘレア、そして何故やってきたのか、クラッキーたちはダンに問おうとするが、ダンはそれに答えず、次の戦いへと向かっていく。
ダンが向かったのは、異界グラン・ロロ。この世界もまた六色の大陸を我が物にしようとするザバイアにより、争いが起きていた。ダンは赤の大陸を守って戦うズングリーと再会し、彼のデッキを見て助言をする。しかし、ズングリーはそれを受け入れられず――。

ギデオンの側近、ターナの接触を受けたまゐ。この接触に不穏な気配を感じた硯と剣蔵は、密かに二人の様子を窺うことにする。車にのり、移動するまゐとターナは突如、何者かの襲撃を受ける。それは魔族によるものだった。魔族の登場に驚くまゐの前で、ターナは彼らを殺害する。その中で、まゐはターナのある秘密に気付いてしまう。
まゐの身に危機が迫る中、ダンもまた現代の地球へと現れていた。全ての元凶であるレオス・ギデオンの手から十二宮Xレアを救い出すために……。