アトランティアの王宮に残ったツルギは、ブリンガーと共に新デッキを完成させる。ツルギは再びヤイバに勝負を挑むが、ヤイバはそれに応えない。かわりにヤイバは世界の真実をツルギに明かす。それはバトルスピリッツのエクストリームゾーンでのみ出会えるスピリット達が、実は太古、大地に存在していたという驚きの事実だった。さらに遠からぬ未来、神の怒りにふれてレジェンディアは滅亡すると告げる。
だが、ヤイバ方舟で全世界の人々を一人残らず救い出してみせるつもりだった。
太古、レジェンディアで世界の中心だった大陸は現在のストーク。そこで戦いに明け暮れるスピリット達を哀れみ、神は知恵を与えた。だが、知恵を得たスピリット達は神を倒して天を手に入れようとした。怒った神は断罪の為に『裁きの神剣』を振り下ろして世界を光と闇の二つに裂き、スピリット達をカードに変え、代わりに創造した人間にカードになったスピリット達を使って日常的にバトルするようにした。そしてカードの世界でスピリット同士の戦いが永遠に続く事になったという。ソードアイズとソードブレイヴと裁きの神剣は、神から人間に対して、逆らわず神に従え、という戒めだった。
だが、光と闇の戦いそのものが不毛だとツルギが気づいたように、ヤイバもその事に気付いていた。ヤイバは神に立ち向かう為、裁きの神剣を手に入れて、神を斬り、ヒトの時代を始めることを考えていた。真実を知れば人々が暴徒化して自滅しかねないから、密かに事を進めていたのだ。
ツルギは、一人で抱え込むなとヤイバに忠告する。そんなツルギを待っていたとヤイバはいう。そしてツルギにソードアイズは民草を導く存在であれという。
一方、ロンは、ゴーディとハクアが神剣の岩山で見つけたドロイドから抜いたメモリーカードの映像を再生して驚愕する。ハクアは、映像をみなに見せるべきだとアトランティアの王宮に仲間達を招集する。
ロン達ほか、グレナダとキザクラ達も王宮に入り、リローヴとソラ以外の光と闇のソードアイズとアトランティアの王族がついに一堂に集まった。
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